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開催期間：
令和４年（2022）10月15日（土）～11月27日（日）
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博覧会の世紀1851-1970
－日本人を魅了した世界の祭典－ ＊開催期間：
令和３年（2021）10月2日（土）～11月28日（日）
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開催期間：
令和３年（2021）4月24日（土）～6月6日（日）
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日本の聖母マリア像（図録なし）
開催期間：
令和元年（2019）11月9日（土）～12月7日（土）
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くんち三八六年展（図録なし）
開催期間：
令和元年（2019）9月21日（土）～10月20日（日）
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開催期間：
令和元年（2019）9月21日（土）～11月17日（日）
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チームラボ 学ぶ！未来の遊園地（図録なし）
開催期間：
令和元年（2019）7月13日（土）～9月1日（日）
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スケスケ展 －スケると見える仕組みの世界－（図録なし）
開催期間：
平成31年（2019）3月21日（木祝）～令和元年（2019）5月6日（月祝）
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新章 ジャパンビューティー
栗原玉葉、夢二、松園「美人画」の世界展（完売）開催期間：
平成30年（2018）12月12日（水）～平成31年（2019）1月20日（日）
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梅屋庄吉生誕150年記念
映画界の風雲児 梅屋庄吉（図録なし）開催期間：
平成30年（2018）10月6日（土）～11月25日（日）
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開催期間：
平成30年（2018）10月6日（土）～11月25日（日）
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PIECE OF PEACE『レゴ®ブロック』で作った世界遺産展 PART-3（図録なし）
開催期間：
平成30年（2018）7月21日（土）～9月2日（日）
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明治150年記念 写真発祥地の原風景 長崎
～写真で振り返る幕末・明治の長崎～（完売）開催期間：
平成30年（2018）5月22日（火）～6月24日（日）
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ダウン症の女流書家 金澤翔子書展 共に生きる（図録なし）
開催期間：
平成29年（2017）12月9日（土）～平成30年（2018）1月14日（日）
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ロシア科学アカデミー図書館所蔵
川原慶賀の植物図譜 plus《長崎版》開催期間：
平成29年（2017）10月7日（土）～11月26日（日）
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開催期間：
平成29年（2017）10月7日（土）～11月26日（日）
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チームラボアイランド -学ぶ！未来の遊園地- in 長崎（図録なし）
開催期間：
平成29年（2017）7月15日（土）～9月3日（日）
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ジブリの大博覧会～ナウシカからマーニーまで～（図録なし）
開催期間：
平成29年（2017）4月15日（土）～6月25日（日）
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開催期間：
平成29年（2017）2月18日（土）～4月2日（日）
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開催期間：
平成28年（2016）12月17日（土）～平成29年（2017）2月5日（日）
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開催期間：
平成28年（2016）10月29日（土）～12月4日（日）
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エヴァンゲリオン展（完売）
開催期間：
平成28年（2016）7月2日（土）～9月4日（日）
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開催期間：
平成28年（2016）4月9日（土）～5月29日（日）
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我が名は鶴亭
～若冲、大雅も憧れた花鳥画!? ルーツは長崎 聖福寺開催期間：
平成28年（2016）2月6日（土）～3月27日（日）
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第二楽章 男鹿和雄展～吉永小百合と語り継ぐ～（図録なし）
開催期間：
平成27年（2015）12月12日（土）～平成28年（2016）1月24日（日）
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開催期間：
平成27年（2015）12月12日（土）～平成28年（2016）1月24日（日）
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日独修好150年の歴史 国際都市・長崎からみたドイツ
～もうひとつの交流史～開催期間：
平成27年（2015）9月19日（土）～11月29日（日）
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PIECE OF PEACE『レゴ®ブロック』で作った世界遺産展
PART-3（図録なし）開催期間：
平成27年（2015）7月18日（土）～8月31日（月）
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LES ROSES 宮廷画家ルドゥーテの『バラ図譜』（図録なし）
開催期間：
平成27年（2015）4月25日（土）～6月21日（日）
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開催期間：
平成27年（2015）2月19日（木）～4月15日（水）
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開催期間：
平成26年（2014）12月23日（火祝）～平成27年（2015）2月11日（水）
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開催期間：
平成26年（2014）11月18日（土）～12月14日（日）
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長崎スポーツ博覧会 ～目指せ!! 世界のアスリート!! 夢への挑戦～（図録なし）
開催期間：
平成26年（2014）9月13日（土）～11月3日（月祝）
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お化け屋敷で科学する！in 長崎（図録なし）
開催期間：
平成26年（2014）7月19日（土）～8月31日（日）
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開催期間：
平成26年（2014）5月24日（土）～6月29日（日）
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開催期間：
平成26年（2014）3月21（金）～5月11日（日）
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開催期間：
平成25年（2013）12月28日（土）～平成26年（2014）3月3日（月）
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開催期間：
平成25年（2013）10月26日（土）～12月15日（日）
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開催期間：
平成25年（2013）8月10日（土）～10月14日（月祝）
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開催期間：
平成25年（2013）6月8日（土）～7月24日（水）
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開催期間：
平成25年（2013）4月6日（土）～5月26日（月）
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長崎ゆかりの浮世絵・古写真―エキゾチックジャパンへの旅（図録なし）
開催期間：
平成25年（2013）1月1日（火）～3月17日（日）
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開催期間：
平成24年（2012）10月6日（土）～11月30日（月）
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開催期間：
平成24年（2012）8月18日（土）～9月17日（月）
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ドラえもんの科学みらい展（完売）
開催期間：
平成24年（2012）7月7日（土）～8月5日（日）
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珍獣？霊獣？ゾウが来た！
～ふしぎでめずらしい象の展覧会～（完売）開催期間：
平成24年（2012）4月21日（土）～6月10日（日）
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開催期間：
平成23年（2011）10月11日（土）～平成24年（2012）3月25日（日）
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開催期間：
平成23年（2011）7月15日（金）～9月4日（日）
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開催期間：
平成23年（2011）6月11日（土）～7月8日（金）
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開催期間：
平成23年（2011）4月16日（土）～6月5日（日）
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開催期間：
平成23年（2011）1月29日（土）～3月27日（日）
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長崎歴史文化博物館開館5周年記念 長崎国際テレビ開局20周年記念特別展
岩崎彌太郎 ～三菱の誕生と岩崎家ゆかりのコレクション～（完売）開催期間：
平成22年（2010）11月19日（金）～平成23年（2011）1月10日（月）
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2010年NHK大河ドラマ特別展龍馬伝 実録坂本龍馬展（完売）
開催期間：
平成22年（2010）10月2日（土）～11月3日（水）
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サンデー･マガジンのＤＮＡ ～週刊少年漫画誌の50年～（完売）
開催期間：
平成22年（2010）7月17日（土）～9月6日（月）
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開催期間：
平成22年（2010）4月10日（土）～6月30日（水）
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開催期間：
平成22年（2010）1月23日（土）～3月22日（月）
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日蘭通商400周年記念展
阿蘭陀とNIPPON～レンブラントからシーボルトまで～ ＊開催期間：
平成21年（2009）10月31日（土）～平成22年（2010）1月11日（月）
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開催期間：
平成21年（2009）6月26日（金）～7月26日（日）
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大鉄道展 -ながさき鉄道ものがたり-
（昭和への旅は列車に乗って 大鉄道博覧会）（完売）開催期間：
平成21年（2009）4月18日（土）～6月15日（月）
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吉村作治の新発見！エジプト展 国立カイロ博物館所蔵品と（完売）
開催期間：
平成21年（2009）2月7日（土）～4月5日（月）
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開催期間：
平成20年（2008）11月1日（土）～平成21年（2009）1月12日（月）
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開催期間：
平成20年（2008）9月13日（土）～10月20日（月）
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開催期間：
[前期] 平成20年（2008）6月14日（土）～7月14日（月）
[後期] 平成20年（2008）7月18日（金）～8月31日（日）
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ノリタケデザイン100年の歴史
オールドノリタケからディナーウェアまで（完売）開催期間：
平成20年（2008）4月12日（土）～6月1日（日）
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開催期間：
平成20年（2008）3月5日（水）～3月31日（月）
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開催期間：
平成19年（2007）12月21日（金）～平成20年（2008）2月24日（日）
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日蘭修好150周年記念事業 開館2周年記念特別展
勝海舟と幕末長崎（完売）開催期間：
平成19年（2007）11月3日（土）～12月9日（日）
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開催期間：
平成19年（2007）9月29日（土）～10月21日（日）
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開催期間：
平成19年（2007）7月7日（土）～9月2日（日）
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もうひとつの日米交流史 青い目の人形と長崎瓊子展
～あれから80年、きずな未来へ～ （完売）開催期間：
平成19年（2007）4月7日（土）～6月10日（日）
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開催期間：
平成19年（2007）2月24日（土）～3月25日（日）
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早稲田大学創立125周年記念
吉村作治の早大エジプト発掘40年展（完売）開催期間：
平成18年（2006）12月22日（金）～平成19年（2007）2月14日（水）
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開館一周年記念特別展
「ローマを夢みた美少年 天正遣欧使節と天草四郎展」（完売）開催期間：
平成18年（2006）10月21日（土）～12月13日（水）
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開館一周年記念展
「くんち 三七二年展 大諏訪の神宝と祭礼」開催期間：
平成18年（2006）9月13日（水）～10月15日（日）
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特別企画展「脳！-内なる不思議の世界へ」
Ｂｒａｉｎ！ Ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ Ｗｏｎｄｒｏｕｓ Ｍｙｓｔｅｒｉｅｓ（完売）開催期間：
平成18年（2006）7月15日（土）～9月3日（日）
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開かれた港市 平戸の至宝とキリシタン文化展
松浦家の名品と甦るオランダ商館開催期間：
平成18年（2006）6月10日（土）～7月9日（日）
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日露修好150周年記念「ロマノフ王朝と近代日本」展
版画と写真でたどる日露交流
－ロシア国立図書館所蔵品より－（完売）開催期間：
平成18年（2006）4月27日（木）～6月4日（日）
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開催期間：
平成18年3月18日（土）～4月16日（日）
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開館記念特別展「北京故宮博物院展」
清朝末期の宮廷芸術と文化（完売）開催期間：
平成18年（2006）1月21日（土）～3月5日（日）
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長崎歴史文化博物館・ライデン国立民族学博物館共同企画
開館記念特別展「長崎大万華鏡」近世日蘭交流の華 長崎 ＊開催期間：
平成17年（2005）11月3日（木）～平成18年（2006）1月9日（月）
